A homlokzat vakolata erősen sérült volt, főként az alsó részen és lemállott. A restaurátori kutatás kimutatta, hogy az eredeti barokk vakolat csak minimális mértékben maradt meg, valamint azt is, hogy a cementtel kevert homlokzati vakolat az oka a templomban lévő értékes barokk freskók nedvesedésének. Emiatt 2009-ben megkezdődött a cement vakolat eltávolítása valamennyi falról. A felújítási munka célja visszaállítani a templom barokk formáját megtartva az oszlopok, alapzatok és tetők jellegzetes építészeti felosztását és felújítani a gipszdíszítményekkel borított balusztrádot. Az Alsó templom műemléki felújításának következő szakaszában az eredeti kőszobrok (valószínűleg Szt. Péter és Pál) és obeliszkek rekonstruálását tervezzük, amelyek eredetileg a kőből készült tetőn voltak elhelyezve a három torony között.

Kivitelezés ideje: 2009 – 2012

Restaurátorok: a homlokzat restaurátori kutatása: Eva Mitzová festőművész és PhDr. Martin Mitz; a homlokzat felújításának kivitelezője: Mgr. art. Ján Hromada

Homlokzat felújításának költsége: 2.500€ – kutatás + 105.631 € – régi vakolat eltávolítása, új vakolat, szegélyek, gipszdíszítés, párkányok…

Finanszírozó: World Monuments Fund, a Szlovák Köztársaság Kulturális Minisztériuma és a VÚB bank